Bah, je dirais quand même de faire attention au clavier et à l'écran...
Je suis plutôt exigeant pour les claviers, j'aime pas programmer sur un clavier de portable (un peu trop étroit à mon goût, parfois sans pavé numérique). Il faut aussi que l'écran ait un minimum de contraste et une luminosité adaptée à l'environnement (afin d'éviter la fatigue des yeux et le mal de crâne).
Sinon, le reste, bah, cela n'a pas beaucoup d'importance, sauf dans le cas où tu aurais d'autres utilisations hors cadre académique.
EDIT : ah oué, pour les machines virtuelles, c'est peut être important si tu es amené à les utiliser... Si c'est le cas, regarde si le processeur a des fonctions avancées pour la virtualisation, cela apporte parfois un certain confort (je pense notamment aux technologies type Intel VT ou AMD-V, pas toujours indispensables, c'est selon l'utilisation). Un paquet de RAM, ça aide aussi pas mal.