Il y a des BIOS qui permettent de désigner quel disque dur dois être utilisé pour le démarrage. C'est à toi de voir si tu as cette option. Sinon, en général, c'est sur le disque maître que va regarder le BIOS en premier. En fait, ce qu'il cherche c'est le boot master record (MBR) qui ensuite passer la main à Windows.