[avis] nVidia CUDA pour la bioinformatique

Discussion dans 'Hardware, matos' créé par Axilatis, 13 Décembre 2011.

  1. Offline
    Axilatis Elite
    c'est imposé... sinon évidemment que j'aurai lancé 100 alignements sur chaque pc et que j'serai passé avec ma clé USB pour récolter les scores... lol
    Axilatis, 28 Décembre 2011
    #41
  2. Offline
    Axilatis Elite
    9 pc (serveur compris) avec :
    - Core 2 Duo E8400 @3GHz
    - 4Gb RAM
    - GeForce 9600GT à 64 CUDA Cores.
    Axilatis, 28 Décembre 2011
    #42
  3. Offline
    titoum GMZ Crew optc 970.342.646
    je voulais dire si chaque pc possede la db complete, rien ne t empeche de dire pour la proteine xy => 2000 fragment / 8 pc et tu envoie juste les id en bundle et les pc clients renverront que le resultat anyway.

    donc le serveur va vraiment rien foutre si il recup que les resultats :colere:
    titoum, 28 Décembre 2011
    #43
  4. Online
    Le_Pev Elite
    C'est ce que je me dis aussi. En utilisant une architecture purement serveur/client dans ce cas on perd 1/9 de puissance de calcul.
    Le_Pev, 28 Décembre 2011
    #44
  5. Offline
    titoum GMZ Crew optc 970.342.646
    le programme fonctionne de quel facon? il y a du queuing ou le client attend tant que le serveur n'a pas consommé l'info?

    si queuing, il y a. tu fais tt turbiner et le serveur tirera son plan une fois que lui même a fini son processus.
    titoum, 28 Décembre 2011
    #45
  6. Online
    Le_Pev Elite
    C'est Soap la clé et c'est ce que ton prof veut voir. Depuis le premier post tu nous le dis et on est partit sur autre chose.

    Edit : Est ce que ça pourrait ressembler à ça

    http://xml.nig.ac.jp/wsdl/Blast.wsdl
    Le_Pev, 28 Décembre 2011
    #46
  7. Offline
    titoum GMZ Crew optc 970.342.646
    au vu du protocol soap, c'est clair qu'il veut quelque chose de réactif donc du post/sent c'est plus que gerable sur ton serveur + capacité d'adaptation facile si il agrandit le parc :D tu peux meme faire un xml avec plusieurs id, fin apres c'est de l'amusement perso a paufiner le prog :)

    qd je vois ce que certaines machine moins puissante que ca peuvent gerer :p'

    raaaa me rappel les joyeusete du corba et ejb :cool:
    titoum, 28 Décembre 2011
    #47
  8. Offline
    Axilatis Elite
    euh bah la c'est plutôt du xml à fond les bananes.
    voici le premier exercice qu'on a fait en SOAP : un client et 3 serveurs. le client envoit une séquence, le premier serveur l'analyse et en fonction de la nature de la séquence (Nucléique ou Protéique) il l'envoit ensuite vers le deuxième ou le 3ème serveur afin de faire une autre analyse à la con.

    http://isimsbioinformatics.wikidot.com/soap

    Oui c'est vrai qu'appart envoyer des ID et récupérer des bêtes score, le serveur peut bosser aussi !! bonne idée :)
    Axilatis, 28 Décembre 2011
    #48
  9. Offline
    Axilatis Elite
    Axilatis, 28 Décembre 2011
    #49