[avis] nVidia CUDA pour la bioinformatique

1er
OP
Axilatis

Axilatis

Elite
c'est imposé... sinon évidemment que j'aurai lancé 100 alignements sur chaque pc et que j'serai passé avec ma clé USB pour récolter les scores... lol
 
1er
OP
Axilatis

Axilatis

Elite
9 pc (serveur compris) avec :
- Core 2 Duo E8400 @3GHz
- 4Gb RAM
- GeForce 9600GT à 64 CUDA Cores.
 

titoum

OPTC:970342646
c'est imposé... sinon évidemment que j'aurai lancé 100 alignements sur chaque pc et que j'serai passé avec ma clé USB pour récolter les scores... lol
je voulais dire si chaque pc possede la db complete, rien ne t empeche de dire pour la proteine xy => 2000 fragment / 8 pc et tu envoie juste les id en bundle et les pc clients renverront que le resultat anyway.

donc le serveur va vraiment rien foutre si il recup que les resultats :colere:
 

Le_Pev

Elite
je voulais dire si chaque pc possede la db complete, rien ne t empeche de dire pour la proteine xy => 2000 fragment / 8 pc et tu envoie juste les id en bundle et les pc clients renverront que le resultat anyway.

donc le serveur va vraiment rien foutre si il recup que les resultats :colere:
C'est ce que je me dis aussi. En utilisant une architecture purement serveur/client dans ce cas on perd 1/9 de puissance de calcul.
 

titoum

OPTC:970342646
le programme fonctionne de quel facon? il y a du queuing ou le client attend tant que le serveur n'a pas consommé l'info?

si queuing, il y a. tu fais tt turbiner et le serveur tirera son plan une fois que lui même a fini son processus.
 

Le_Pev

Elite
C'est Soap la clé et c'est ce que ton prof veut voir. Depuis le premier post tu nous le dis et on est partit sur autre chose.

Edit : Est ce que ça pourrait ressembler à ça

http://xml.nig.ac.jp/wsdl/Blast.wsdl
 

titoum

OPTC:970342646
au vu du protocol soap, c'est clair qu'il veut quelque chose de réactif donc du post/sent c'est plus que gerable sur ton serveur + capacité d'adaptation facile si il agrandit le parc :D tu peux meme faire un xml avec plusieurs id, fin apres c'est de l'amusement perso a paufiner le prog :)

qd je vois ce que certaines machine moins puissante que ca peuvent gerer ^^'

raaaa me rappel les joyeusete du corba et ejb :cool:
 
1er
OP
Axilatis

Axilatis

Elite
euh bah la c'est plutôt du xml à fond les bananes.
voici le premier exercice qu'on a fait en SOAP : un client et 3 serveurs. le client envoit une séquence, le premier serveur l'analyse et en fonction de la nature de la séquence (Nucléique ou Protéique) il l'envoit ensuite vers le deuxième ou le 3ème serveur afin de faire une autre analyse à la con.

http://isimsbioinformatics.wikidot.com/soap

Oui c'est vrai qu'appart envoyer des ID et récupérer des bêtes score, le serveur peut bosser aussi !! bonne idée :)
 
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